این بنای آجری و استوانه ای متلق به قرن ششم هجری قمری است و به دستور یکی از امرای سلجوقی ساخته شده است. در کتیبه سردر ورودی سه گنبد نیز تاریخ ۵۸۰ هجری قمری که به خط کوفی نوشته شده، خوانده می شود. برخی از باستان شناسان معتقدند که در گذشته دو بنای دیگر در اطراف این برج وجود داشته است که مجموعا به این سه بنا، سه گنبد می گفتند.

بر اساس بررسی‌ های انجام شده بر روی کتیبه پیرامون سر در مقبره در سال ۱۳۶۷، نام پادشاهان «شیث قاط المظفری اطال الله بقائه» خوانده شد که احتمال می‌رود نام شخصیت‌های مدفون در این مکان باشد. فرم بنا و شباهت آن با برج علاءالدین 

ورامین و مقابر دیگر زمان سلاجقه، دلیل گویائی برای این موضوع است که بنای سه گنبد یکی از مقابر آن دوره است.

طبق این کتیبه این بنا به دستور یکی از امرای سلجوقی به نام «شیث قاطه المظفری» ساخته شده است. معماری این بنا شباهت زیادی به قبرهای قرن ششم هجری قمری به خصوص قبرهای مراغه و سایر مقبره های دوره های سلجوقی دارد. بد نیست بدانید که در عصر سلجوقی، سیر تحول آرامگاه سازی دوره اسلامی ایران، روندی رو به رشد و ترقی در پیش گرفت. ترکان سلجوقی موفق شدند که یک حکومت نمونه ایرانی اسلامی را خلق و ارائه کنند و در این میان نقش اصلی بر عهده وزیران بزرگ ایرانی آل سلجوق چون خواجه نظام الملک طوسی بود.

بنای تاریخی سه گنبد عبارت است از سکوی بلندی که به شکل استوانه و مدور ساخته شده است.